Fundada el 12 de Agosto en 1951 en la ciudad de Mexicali por los Pastores y Misioneros Armando y Mercedes Miranda por dirección de Dios.
Iniciaron la iglesia con un grupo de ocho niños, los cuales discipuló con amor y dedicación. Más personas fueron sumándose cuando comenzaron a venir más niños de todos los alrededores junto con sus familias.
En 1953 continua la obra ahora en un nuevo terreno en González Ortega, mejor conocido como Palaco.
Es ahí donde Iglesia El Shadai, en esos tiempos llamada Iglesia Interdenominacional, inicia con su propósito de ser un lugar de promesa y esperanza en la ciudad de Mexicali.
En 1955, los Pastores Tomas y Maria Luisa Guerrero se unen al equipo de la Iglesia.
Tras más de 25 años de servicio y compromiso, el pastor Guerrero recibe la confirmación de parte de Dios para el nuevo pastor que tomaría su lugar.
Después de recibir una formación ministerial en el Instituto Bíblico Elim, Rene Martín Guerra es nombrado como Pastor Principal de la Iglesia Interdenominacional en 1985 y continúa con la visión que los pastores fundadores habían sembrado en esta obra.
Dos años más tarde, comienza la etapa de crecimiento y expansión para la iglesia que actualmente conocemos como El Shadai, con más de 30 años de servicio y con un equipo de 20 Pastores Asociados.
Actualmente, Iglesia El Shadai es una de las principales iglesias cristianas de la ciudad de Mexicali con aproximadamente 1,500 miembros y más de 150 células “D’CA” que promueven el discipulado en casa.
Hoy en día, El Shadai tiene el firme propósito de seguir expendiendo el reino de Dios; en cada hogar de Mexicali y en las naciones de la tierra, dando cobertura a nuevos proyectos eclesiasticos como las "iglesias hijas" en México, Estados Unidos y ,en el futuro, alrededor del mundo.